Пока не нашел причины сей странной проблемы, но у некоторых клиентов в DirectAdmin’е не работает файловый менеджер, выдавая подобные тексты на попытки его открыть:

Your connection has timed out  Details  Consider disabling the Folder Usage Count.

В такой ситуации открываем /usr/local/directadmin/conf/directadmin.conf и добавляем/изменяем параметр на:

filemanager_du=1